Mieux connaître le génome de la bactérie responsable de la fièvre Q
Le laboratoire de Sophia Antipolis de l’Anses a participé à une vaste analyse génétique des souches de Coxiella burnetii, la bactérie responsable de la fièvre Q, transmissible à l’être humain. Cette collaboration entre spécialistes de la maladie chez l’animal et l’humain, qui a donné lieu à une publication fin 2022, constitue la première étape d’un projet One Health sur cette zoonose.
La fièvre Q peut se transmettre de l’animal à l’être humain, chez qui elle peut provoquer un syndrome grippal sévère avec possibilité de complications hépatiques ou pulmonaires. Dans de rares cas, la maladie peut devenir persistante et provoquer par exemple une endocardite ou un syndrome de fatigue chronique. Les réservoirs principaux de cette zoonose sont les élevages de ruminants. Il s’agit de la principale source d’infection pour l’être humain, la transmission de la fièvre Q entre humains étant exceptionnelle.
Une collaboration associant le volet animal et le volet humain
L’étude publiée en novembre 2022 dans la revue Frontiers in Microbiology est le fruit d’une collaboration entre l’unité fièvre Q animale du laboratoire Anses de Sophia Antipolis, qui est laboratoire de référence au niveau national (LNR) et pour l’Organisation mondiale de la santé animale (OMSA), et le centre national de référence (CNR) sur la fièvre Q, hébergé par l’Institut hospitalo-universitaire Méditerranée Infection à Marseille. Le LNR est chargé du volet animal de la fièvre Q, tandis que le CNR s’occupe du volet humain.
L’Anses a fourni des séquences de génomes entiers de souches de Coxiella burnetii isolées à partir de ruminants. Ces souches ont complété la collection de bactéries issues de patients conservée par le CNR. Le travail de recherche mené par les deux partenaires constitue la plus vaste analyse génétique au monde réalisée sur Coxiella burnetii : 75 génomes ont été séquencés, dont 65 nouveaux.
La comparaison des génomes des souches de bactérie a permis d’obtenir son pangénome, c’est-à-dire les parties du génome communes à toutes les souches. Les chercheurs ont également décrypté des parties spécifiques de certaines souches et montré que certaines étaient liées à des signes cliniques ou à des zones géographiques particulières.
Mieux comprendre les risques de transmission et d’exposition
« Ces travaux sont la première étape d’un projet sur le long terme sur la fièvre Q, explique Elodie Rousset, adjointe au chef de l’unité Fièvre Q animale et responsable du LNR. Nous avons signé en 2020 une convention avec le centre national de référence pour renforcer l’approche « une seule santé » des travaux sur la fièvre Q. Nous recherchons de nouvelles méthodes pour faciliter l’isolement et le séquençage des souches de C. burnetii. En effet, la bactérie est jusqu’à présent difficile à isoler et à cultiver. »
L’Anses travaille également étroitement avec une équipe d’Inrae, l’unité mixte de recherche Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques. L’objectif de ces travaux collaboratifs est de continuer à augmenter les collections de souches, pour en particulier disposer de souches de Coxiella burnetii isolées chez des patients et dans les élevages d’une même zone géographique. Ceci permettra de mieux comprendre les scenarii de transmission et les risques d’exposition, de détecter rapidement certaines souches hyper-virulentes ou hyper-disséminables, et le cas échéant de tracer l’origine d’une épidémie éventuelle.
Dans cette optique, l’unité Fièvre Q animale participe également au projet européen Q-Net-Assess, qui va démarrer avec six autres organismes de six pays différents. Il vise à développer et à partager des méthodologies harmonisées, depuis la collecte de prélèvements sur le terrain jusqu’à l’analyse génétique des souches. Objectif : constituer une grande base de données épidémiologiques et génétiques des souches de Coxiella burnetii à l’échelle européenne. Son mandat international de référence OMSA permet à l’unité Fièvre Q de l’Anses de se positionner en interlocuteur privilégié dans ces projets européens et internationaux.