Unité de génétique virale et biosécurité (GVB) du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort

Depuis sa création, l’unité Génétique virale et biosécurité, s’est positionnée au carrefour de deux thématiques principales : d’une part les émergences virales et d’autre part l’apport des développements technologiques, en lien avec les missions de l’Anses portant sur la santé animale et la sécurité des aliments.

C’est autour de ces deux approches que s’est structurée, sur les 20 dernières années l’unité GVB, avec initialement une équipe émergences virales dans la filière porcine, qui a entre autres largement travaillé sur les circovirus porcins et la maladie d’amaigrissement du porcelet (MAP) à la fin des années 90 et au début des années 2000, puis sur les coronavirus porcins dans le cadre de la ré-emergence de la diarrhée épidémique porcine à partir de 2013. Ces derniers travaux permettent aujourd’hui d’utiliser les coronavirus animaux comme des modèles viraux permettant de mieux comprendre l’évolution ou la persistance dans l’environnement du coronavirus Sars-Cov-2 responsable du Covid-19.

L’ensemble de ces travaux a largement fait appel aux techniques de biologie moléculaire, telle la génétique inverse, pour disséquer finement les interactions hôte-pathogène et leurs liens avec la virulence. Concernant les développements technologiques et leur application aux modèles étudiés a l’Anses, un important travail a été réalisé sur l’utilisation d’ADN plasmidiques comme agent de vaccination sub-unitaire et sur les questions de biosécurité inhérentes à ces techniques, telles que l’étude de la diffusion et du devenir des molécules d’ADN dans l’organisme.

Une plateforme de séquençage haut débit mutualisée 

Un second développement technologique en biologie a été le séquençage haut débit (NGS) qui a profondément transformé les approches de recherche de l’unité, particulièrement en ce qui concerne les phénomènes d’émergences et la caractérisation des populations microbiennes complexes.  Ce développement majeur de ces dix dernières années a conduit l’unité à proposer la création d’une plateforme de séquençage haut débit, aujourd’hui commune aux laboratoires de l’Anses, et à développer au sein du laboratoire les compétences de traitement des données issues du NGS par la formation d’une équipe de bio-informaticiens.

Ces nouvelles compétences amènent l’unité à développer de nouvelles approches combinant vaccinologie et bio-informatique pour identifier de nouveaux antigènes (vaccinologie inverse) ou pour caractériser plus finement la réponse immunitaire, par l’analyse des répertoires anticorps générés lors d’une infection ou d’une vaccination. De même, la modélisation bio-informatique de la structure des ARN viraux est étudiée pour tenter de relier les structures prédites au caractéristiques des différentes souches virales (pouvoir pathogène, capacité évolutive).

L’unité GVB assume les fonctions de « laboratoire de référence sans mandat » pour les virus de la maladie d’amaigrissement du porcelet (cirovirus porcins) et la diarrhée épidémique porcine (coronavirus)

Principaux projets récents

PREPMEDVET (2021-2023)

Préparation et intervention d'urgence lors d'émergences de pathogènes d’intérêt médical et/ou vétérinaire.

Financement : pour la France, ANR (Agence nationale de la recherche), pour l’Allemagne, BMBF (Ministère fédéral de l'éducation et de la recherche allemand)

L'objectif global du projet est de mettre en place une plateforme portable de diagnostic par séquençage, capable de délivrer dans un délai cliniquement pertinent des informations critiques dans le contexte d'une épidémie.

COMPARE (2015-2020)

Collaborative management platform for detection and analyses of (re-)emerging and foodborne outbreaks in Europe.

Financement : programme européen H2020

Le but du projet COMPARE est de permettre l'identification rapide, le confinement et l'atténuation des maladies infectieuses émergentes et des épidémies d'origine alimentaire. C’est un réseau de recherche multidisciplinaire, qui a pour objectif de définir un cadre analytique et de devenir une plateforme de partage de données et d'informations au niveau mondial. Il vise à intégrer des stratégies, des technologies et des méthodes de pointe pour la collecte, le traitement et l'analyse de données sur les pathogènes, en combinaison avec des données associées (cliniques, épidémiologiques etc.), afin de générer des informations exploitables par les autorités compétentes et d'autres utilisateurs, dans les domaines de la santé humaine, de la santé animale et de la sécurité alimentaire.

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